La città di Bologna ospitava nel Medioevo una delle quattro maggiori università dell'Europa: mentre Oxford brillava per le scienze, Parigi per la teologia e la filosofia, Montpellier per la medicina, Bologna veniva considerata la sede per eccellenza del diritto.

L'Ordine domenicano (o dei Predicatori), le cui Costituzioni riflettono audacemente i fermenti culturali e lo spirito democratico caratteristico dei primi Comuni italiani medievali, si era associato sin dalle origini al sorgere e alla crescita delle più grandi università: ecco perché lo stesso san Domenico decise di fondare a Bologna, nel 1218, un convento che doveva diventare un punto di riferimento religioso, intellettuale e culturale.

Il primo fondo librario dovette formarsi con i libri dei molti maestri e studenti dello Studio cittadino che, tra il 1219 e il 1230, vestirono l'abito domenicano. Questo patrimonio, che cresceva sempre con il passare degli anni, fece presto della biblioteca di san Domenico la più importante della città di Bologna; per cui, nel 1400, si cominciò a sentire il bisogno di una più degna e più ampia collocazione.

Con il contributo di Alfonso V d'Aragona, re di Napoli, di suo figlio Ferdinando, e per interessamento dei papi Niccolò V e Callisto II, venne costruita nel 1466 l'aula basilicale a tre navate, progettata da un architetto toscano ispiratosi alla biblioteca di San Marco in Firenze di Michelozzo Michelozzi.

Nel 1496, la generosità di Ludovico e Giovanna Bolognini consentì un ulteriore ampliamento, cioè l'edificazione del salone chiamato appunto Bolognini che, con l'atrio realizzato nel 1693-94 da Giuseppe Antonio Torri, diede all'edificio la sua configurazione architettonica definitiva.

Nei secoli successivi, la biblioteca viene considerata "una delle più considerevoli d'Italia" (Sabelli, Bologna negli scrittori stranieri); nel 1600, Andrea Schott ne parla come di "un'eccellente libreria, a cui credo non ritrovarsi alcuna superiore, né forse uguale".

Purtroppo, la fortuna dell'ormai antica istituzione subì, con la rivoluzione francese e gli avvenimenti che ne derivarono, un colpo durissimo e in parte irreparabile...

• 1796: invasione napoleonica.

• 1798: soppressione del convento: molti manoscritti in Francia. Il resto diventa proprietà dell'Azienda dei Beni Nazionali.

• 1801: nasce una Biblioteca Dipartimentale nel convento. Parte dei manoscritti e dei volumi passa alla Biblioteca nazionale, parte all'Accademia delle Belle Arti o è venduta per coprire le spese di funzionamento.

• 1824: ritornano i frati nel convento, ma la biblioteca rimane al Comune.

• 1836: per mancanza di spazio, trasferimento della biblioteca all'Archiginnasio e all'Università di Bologna. Il Comune consegna l'edificio vuoto ai frati. Ma già da tempo questi avevano costituito un nuovo fondo librario con i lasciti dei religiosi defunti e degli amici dell'Ordine: la biblioteca comincia a rinascere.

1866: i religiosi vengono di nuovo cacciati dal convento e i loro beni confiscati. Vari istituti religiosi vengono soppressi e la biblioteca si trasforma in un dormitorio di soldati.

1924: il Governo restituisce "in uso" alcuni locali (tra cui la biblioteca) ai religiosi perché vengano "salvati dal deperimento e dall'abbandono", come leggiamo nel verbale di consegna del primo ottobre.

1927: la mancanza di spazio costringe i frati ad usare l'aula basilicale e l'atrio barocco come dormitorio. Il deposito dei libri della biblioteca è confinato a piano terreno.

1944-1945: dopo che il bombardamento ha distrutto l'Ospedale Maggiore, parte del convento e l'intera biblioteca sono adibiti a ricovero per i malati.

1956: un'altra consegna di locali da parte del demanio dello Stato consente di iniziare i progetti di restauro dell'edificio.

1959: i restauri sono completati e la biblioteca rinasce.

1978: tra i numerosi fondi librari che a vario titolo sono entrati a far parte della biblioteca non si può dimenticare il fondo "Carpani" e quello indologico-orientalistico "Suali" a cui s'aggiungono di recente altri tre fondi di professori universitari (in corso di catalogazione).

Attualmente, l'edificio ha ritrovato una buona parte della sua originaria bellezza. Il fondo librario, di argomento prevalentemente filosofico e teologico, ammonta a più di 70.000 volumi, di cui 2600 del 1500-1600, e dei corali miniati ben custoditi.

È già in gran parte su rete locale (tesauro e richiami in linea) e sul presente sito.

Valido strumento per lo Studio filosofico domenicano e per la Facoltà teologica dell'Emilia Romagna  e per tutti gli studiosi / studenti che desiderino accedervi, la biblioteca ospita anche le attività di uno dei più importanti centri culturali nella regione Emilia Romagna: il Centro San Domenico.

Nel luglio del 1998 la biblioteca ha ospitato un Capitolo generale dell'ordine domenicano.